1999年：
- 6月：《鲸歌》（《科幻世界》）
- 6月：《微观尽头》（《科幻世界》）
- 7月：《宇宙坍缩》（《科幻世界》）
- 10月：《带上她的眼睛》（《科幻世界》）：荣获本年度中国科幻银河奖一等奖
2000年：
- 2月：《地火》（《科幻世界》）：后收录于《中国九山蠢十年代科幻佳作集》）
- 7月：《流浪地球》（《科幻世界》）：荣获本年度中国科幻银河奖特等奖，后收录于《2000年度中国最佳科幻小说集》）
2001年：
- 1月：《乡村教师》（《科幻世界》）：荣获本年度中国科幻银河奖读者提名皮唯型奖，后收录于《2001年度中国最佳科幻小说集》）
- 3月：《混沌蝴蝶》（《科幻大王》）
- 4月：《微纪元》（《科幻世界》）
- 8月：《全频带阻塞干扰》（《科幻世界》）：荣获本年度中国科幻银河奖，后收录于《2001年度中国最佳科幻小说集》）
2002年：
- 1月：《中国太阳》（《科幻世界》）：荣获本年度中国科幻银河奖，后收录于《2002年度中国最佳科幻小说集》）
- 1月：《梦之海》（《科幻世界》）：大艺术系列之一
- 1月：《朝闻道》（《科幻世界》）：荣获本年度中国科幻银河奖读者提名奖，后收录于《2002年度中国最佳科幻小说集》）
- 6月：《天使时代》（《科幻世界》）：又名《波斯湾飞马》）
- 9月：《魔鬼积木》（《福建少年儿童出版社》）：长篇
- 11月：《吞食者》（《科幻世界》）：荣获本年度中国科幻银河奖读者提名奖
2003年：
- 1月：《超新星纪元》（作家出版社）：长篇
- 2月：《文明的反向扩张》（《科幻世界》）燃猜：科幻专题文章
- 3月：《诗云》（《科幻世界》）：又名《李白》，“大艺术”系列之二，荣获本年度中国科幻银河奖读者提名奖，后收录于《2003年度中国最佳科幻小说集》）
- 8月：《光荣与梦想》（《科幻世界》）
- 9月：《地球大炮》（《科幻世界》）：又名《深井》，荣获本年度中国科幻银河奖，后收录于《2003年度中国最佳科幻小说集》）
- 12月：《思想者》（《科幻世界》）：荣获本年度中国科幻银河奖读者提名奖，后收录于《2003年度中国最佳科幻小说集》）
2004年：
- 3月：《圆圆的肥皂泡》（《科幻世界》）
- 6月：《球状闪电》（《科幻世界星云》）：长篇
- 6月：《当恐龙遇上蚂蚁》（北京少年儿童出版社）：又名《白垩纪往事》，长篇
- 12月：《镜子》（《科幻世界》）：荣获本年度中国科幻银河奖
2005年：
- 1月：《赡养上帝》（《科幻世界》）
- 8月：《欢乐颂》（《九州幻想》，“大艺术”系列之三）
- 11月：《赡养人类》（《科幻世界》）
2006年：
- 1月：《山》（《科幻世界》）
- 5月：《三体》 （连载于《科幻世界》2006.5~2006.12）：长篇
2008年：
- 1月：《三体》 （重庆出版集团 重庆出版社）：长篇单行本
- 5月：《三体II：黑暗森林》（重庆出版集团 重庆出版社）：长篇
2010年：
- 1月：《太原之恋》 （九州幻想）
- 11月：《三体Ⅲ：死神永生》（重庆出版集团 重庆出版社）：长篇
