一、苯醌类
苯醌类化合物分为邻苯醌和对苯醌两大类。自然界中，大多数苯醌类化合物是对苯醌的衍生物，因为邻苯醌结构不够稳定。
二、萘醌类
萘醌类化合物包括α（1,4）、β（1,2）和amphi（2,6）三种类型。天然界中，α-萘醌类衍生物较为常见，它们通常是橙色或橙红色结晶，部分呈现紫色。
三、菲醌类
菲醌类化合物天然存在的有邻菲醌和对菲醌两种类型。例如，从中药丹参根中分离得到的多种菲醌衍生物，就属于这两种类型。
四、蒽醌类
蒽醌类化合物根据母核结构可分为单蒽核和双蒽核两大类。
1. 单蒽核类
单蒽核类包括蒽醌及其苷类。天然蒽醌以9,10-蒽醌最为普遍，其分子形成了一个共轭体系，C9和C10处于最高氧化水平，因此比较稳定。蒽醌的衍生物在蒽醌母核上常有羟基、羟甲基、甲基、甲氧基和羧基取代。根据羟基在蒽醌母核上的分布情况，可将羟基蒽醌衍生物分为两种类型。
2. 双蒽核类
双蒽核类包括二蒽酮类、二蒽醌类、去氢二蒽酮类、日照蒽酮类和中位萘骈二蒽酮类等。这些化合物是通过蒽醌或蒽酮的脱氢缩合，或二蒽酮类的氧化形成的。双蒽核类化合物在自然界中存在，并具有多种生物活性。
