缙云县的行政区划历史悠久，经历了多次调整。1949年10月，全县划分为6个区，38个乡镇。1950年6月，行政区划调整，全县变为7个区，72个乡镇。1951年5月，严溪乡划归丽水县，同年水南乡并入五云镇。1953年，东金乡分建东金乡、石井乡，潘潭乡划归磐安县，五云镇改为县直属建制镇。
1956年3月，进行新一轮行政区划调整，撤销城区、仙都区，全县划分为6个区，3个镇、35个乡。1958年9月，区、乡镇建制被撤销，建立政社合一的人民公社。1961年6—10月，恢复区建置，建立36个人民公社。1962年5月，撤销缙仙区，其余3个公社归并盘溪区。
1978年9月，五云公社恢复为县直属建制镇。1980年，溪南公社分设溪南公社、小筠公社，城南公社分设城南公社、长坑公社。1981年，进行多项行政区划调整，增设城郊区，撤销三合公社，建立多个新公社。1982年，壶镇公社改为建制镇。
1983年，完成政社分设，撤销公社建制，恢复乡镇建制。1985年，新建乡改为建制镇，舒洪乡改为建制镇。1991年，新碧乡、前村乡改为新碧、大洋两建制镇。1992年，进行撤区并乡扩镇，全县设9个建制镇、15个乡。
2008年2月，进行部分乡镇行政区调整，撤销多个乡镇建制，其行政区域并入其他乡镇。此次调整后，全县设8个建制镇、8个乡。2010年12月，全县行政村规模调整，由644个调整为253个。
缙云县地处武夷山--戴云山隆起地带和寿昌-丽水--景宁断裂带的中段，是一个山区县。全县地貌类型分为中心、低山、丘陵、谷地四类，山地、丘陵约占全总面积的80%。地势自东向西北倾斜，山脉大致以好溪为界。全县河流均为山溪性河流，主要有好溪、新建溪、永安溪三条，分属瓯江、钱塘江、灵江三个水系。全县水资源丰富，河流落差大，水力资源总蕴藏量8.3万千瓦。
