在《龙骑士》的世界里，龙骑士们拥有不朽的生命，但他们无法抵挡内部的分裂。盖尔巴特瑞克斯，一个10岁的孩子，在通过了最终考验后，成为了新一代的龙骑士。由于他拥有无可匹敌的神力，盖尔巴特瑞克斯和他的朋友们很快便拥有了自己的飞龙，一同旅行。然而，命运多舛，他们在一次旅行中遭遇了围杀，两个朋友不幸丧生，盖尔巴特瑞克斯侥幸逃脱，却永远失去了他的飞龙伙伴。在荒郊野地里徘徊了几个月后，盖尔巴特瑞克斯的神智开始混乱，最终被一名农夫发现时已昏迷不醒。
回到龙骑士的大本营，盖尔巴特瑞克斯的情况已经大不相同，长老们认为他不再配拥有飞龙，这一决定将他推入疯狂的深渊。盖尔巴特瑞克斯开始屈服于黑暗力量，私自偷走了一条刚孵化的小龙，并说服了意志最薄弱的莫赞加入他，两人开始策划对龙骑士的复仇。不久，又有12名因为各种原因临时倒戈的龙骑士，组成了“13毁约同盟”，残酷地屠杀龙骑士。
最终，盖尔巴特瑞克斯成为了胜利者，他自立为王，用残暴的方式统治着阿拉盖西亚王国，使这个国家陷入了长期的战乱之中。在这样一个动荡的时代，小主人公伊拉贡生活在这个国度。从小被妈妈抛弃的他，和叔叔一起以耕种和打猎为生。一天，他在树林里拾到了一块泛着蓝光的石头，命运从此发生了翻天覆地的变化。
伊拉贡拾到的是一颗龙蛋，只有在碰到它真正的主人时才会孵化。当伊拉贡惊奇地看着那只小蓝龙时，他还不知道自己注定会成为一名龙骑士，一个已经消失了几百年的族类的最后一人。小龙的到来，不仅为伊拉贡和他相依为命的叔叔带来了杀身之祸，也引来了导师布罗姆和精灵公主阿娅的帮助。
他们三人组成了新的同盟，虽然力量薄弱，却是这个国家唯一的希望。伊拉贡与布罗姆在营救阿雅时，布罗姆不幸被鬼魂杀害。之后，伊拉贡结识了变节者之首莫赞的儿子穆塔德，三人一起前往沃顿。在这个过程中，伊拉贡逐渐揭开了自己作为龙骑士的命运，以及他与整个王国未来的紧密联系。
