工程机械租赁费专用增值税进项发票上的税额可以抵扣销项税额，这意味着增值税一般纳税人支付的租赁费用所取得的发票中的税部分，可以用于减少其销项税的负担。这是增值税制度的一项重要政策，旨在减轻纳税人的税收负担。
根据相关税务规定，即《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1的规定，增值税进项税额的抵扣规则明确指出，用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产的进项税额，不得从销项税额中抵扣。这里的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的。
同时，对于适用一般计税方法的纳税人，如果兼营简易计税方法计税项目、免征增值税项目，无法明确划分不得抵扣的进项税额，则需按照一定的公式计算不得抵扣的进项税额。此公式为：不得抵扣的进项税额＝当期无法划分的全部进项税额×（当期简易计税方法计税项目销售额+免征增值税项目销售额）÷当期全部销售额。税务机关有权依据年度数据对不得抵扣的进项税额进行清算。
此外，根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1-附《销售服务、无形资产、不动产注释》的规定，现代服务中的租赁服务，又细分为有形动产经营租赁服务和不动产经营租赁服务。工程机械租赁服务属于有形动产经营租赁服务的一种。
