盐碱地要实现高产，施肥至关重要。主要遵循的原则是：首先，以有机肥为主。农谚有云：“碱大吃苗，肥大吃碱。”这里所说的肥指的是有机肥料。施用有机肥可以提高土壤中的有机质含量，确保农作物在整个生长周期内获得全面营养，同时还能提高土壤保肥能力，增强对酸碱及有害离子的缓冲能力，减少土壤盐分和pH值，减轻盐碱对作物的危害，促进土壤熟化。
其次，合理选择化肥种类。大部分化肥属于盐类，分为酸性、碱性和中性。尿素、碳酸氢铵、硝酸铵等在土壤中不会留下任何杂质，不会增加土壤中的盐分和碱性，适合在盐碱地使用；硫酸铵是生理酸性肥料，其中的铵被作物吸收后，残留的硫酸根能降低盐碱的碱性，同样适宜施用；而草木灰等碱性肥料，则不适宜在盐碱地上使用；在给盐碱地作物施用磷肥时，应选用过磷酸钙，而钙镁磷肥是碱性肥料，在盐碱地上施用不仅无效，还会加重土壤碱性。
再次，注意配合施用有机肥料。这样既能补充多种营养，又有利于降低土壤溶液浓度，减轻由于施用化肥带来的盐碱危害。施肥时要采取多次少量的方式，避免土壤溶液浓度突然升高，影响作物吸收和生长。铵态氮肥在盐碱地上施用易引起氨的挥发，因此必须深施并覆盖好。
此外，考虑到盐碱地地温较低，微生物活动减弱，有效磷释放量少，常出现缺磷现象，因此增施磷肥可以显著提高产量。施肥方法应为做底肥深施，以确保磷肥的有效利用。
