多发性泌尿结石的早期症状主要是腰痛，这种疼痛可以分为钝痛和绞痛两种。较大的结石或者肾盏结石由于活动度不大，常表现为腰部酸胀或持续性钝痛。而小如米粒的结石，因为活动度大，可以频繁刺激肾盂或输尿管，导致阵发性的绞痛。
当肾绞痛发作时，患者会表现出面色苍白、大汗淋漓、血压下降、恶心呕吐等症状，疼痛通常会突然发作，没有任何先兆，位置通常局限在肾区，但强度极大，像刀割般，时而加剧，时而缓解，有时会突然消失或在数小时后逐渐减轻。
疼痛不仅局限于腰部，还可能放射至下腹部、大腿内侧或会阴部。在肾绞痛发作期间，患者常常会有肛门坠胀感和尿道不适，而在疼痛缓解后，患者通常会感到疲惫不堪，甚至会有多尿的症状。
膀胱结石的疼痛则多位于耻骨上或会阴区，且常因运动或活动而加剧。尿路结石患者在排尿时会突然中断，并伴有阴茎部的剧痛，这是因为结石阻塞了尿道。患者会感到极度痛苦，需要改变体位，使结石移开，才能继续排尿。
儿童患膀胱结石时，常表现为孩子抓着阴茎，蹲在地上不肯起来，同时大哭大叫。尿路结石的症状还包括排尿时的尿道疼痛，这种疼痛有时会放射至阴茎的龟头，患者可能会感到排尿困难，尿流呈点滴状，甚至因结石完全堵塞尿道而发生急性尿潴留。
尿路结石还可能引起血尿，根据结石对粘膜损伤的程度不同，血尿可能肉眼可见或仅在显微镜下发现。体力活动后，血尿的情况可能会加重，有时活动后显微镜下血尿可能是上尿路结石的唯一临床表现。膀胱结石的血尿多出现在排尿的终末。
尿路结石伴随感染时，可能会出现尿急、排尿次数增多、尿痛及尿中有脓细胞等症状，继发急性肾盂肾炎或肾积脓时，患者可能会有发热、畏寒等全身症状。
尿路结石堵塞还会导致严重的输尿管和肾盂积水，患者腰部会出现包块，伴有压痛及叩击痛。如果双侧上尿路结石引起双侧完全性梗阻，或单侧肾上尿路结石完全性梗阻时，可能会导致无尿。
