自来水费的计算方法包括零售自来水价、污水处理费和垃圾处理费。通常，污水处理费和垃圾处理费根据污水量来收取，一般用户按用水量的90%计算污水量。
若用户出现拖欠水费、污水处理费或垃圾处理费的情况，当欠费不超过60天时，用户可以在扣款日之前将足够金额存入扣款账号。如果欠费超过60天，则可通过支付宝、微信支付、银联易办事或者前往深圳水务集团的实体营业厅交费。
对于超过60天未缴纳水费的用户，供水企业根据《深圳经济特区城市供水用水条例》第6的规定，有权停止供水并进行拆表处理。只有在用户按规定缴纳了足额水费和滞纳金等费用后，供水企业才会恢复供水。
尽管困难家庭或低保户无法免除水费，但深圳市提供了针对这些家庭的水费减免。具体减免包括：最低生活保障家庭和持有深圳市优抚对象优待证的优抚人员家庭，每月减免12立方米的水费；享受最低生活保障的家庭、社会福利机构和用水免收污水处理费；享受最低生活保障的家庭、福利院、养老院和残疾人企业免收垃圾处理费。
深圳水务集团通常会直接联系市民政局提供的低保户和特困人员名单，核实情况后给予减免水费。对于未抄表到户但符合减免条件的困难家庭，用户需携带居民身份证、《深圳市居民最低生活保障金领取证》或《深圳市优抚对象优待证》及银行卡，前往就近的营业厅办理减免退费。
