南京医科大学至南京图书馆有多条路线可供选择。地铁2号线是较为便捷的方式，从南京医科大学出发，步行约230米至上海路站上车，乘坐2号线至大行宫站下车，再步行约230米即可到达目的地。
另外，3路[外环]公交车也是个不错的选择。从南京医科大学出发，步行约10米至永庆巷站上车，乘坐3路[外环]车至南京图书馆站下车，只需再步行约10米便可抵达。
乘坐29路公交车也是一条可行的路线。从南京医科大学出发，步行约10米至永庆巷站上车，乘坐29路至总统府站下车，再步行约140米即可到达南京图书馆。
9路公交车也是个选择。从南京医科大学出发，步行约330米至汉中路·莫愁路站上车，乘坐9路至南京图书馆站下车，只需再步行约30米便可抵达。
此外，68路公交车也是个选择。从南京医科大学出发，步行约10米至永庆巷站上车，乘坐68路至大行宫北站下车，再步行约250米即可到达目的地。
对于位于江宁校区的南京医科大学，前往南京图书馆则需要换乘地铁。从南京医科大学江宁校区出发，步行约180米至南医大·江苏经贸学院站上车，乘坐地铁1号线至南京南站，然后换乘地铁3号线，共17站，在大行宫站下车，再步行约300米即可到达目的地。
