公积金贷款利率依照放款当日中国人民银行公布的利率标准和相关规定执行。贷款期间如遇到利率调整，将依据以下规定执行：一年期贷款利率保持不变；一年期以上贷款在调整日前已发放的，于次年1月1日开始按照新的利率档次执行。
现行的公积金贷款年利率为：1至5年期贷款利率为2.75%，6至30年期贷款利率为3.25%。若借款申请人第二次申请住房公积金个人住房贷款，贷款利率将按照基准利率的1.1倍执行。
2015年10月24日，中国人民银行宣布下调金融机构人民币贷款和存款基准利率，以进一步降低社会融资成本。具体措施包括：一年期贷款基准利率从4.6%下调至4.35%，一年期存款基准利率从1.75%下调至1.5%。其他各档次贷款及存款基准利率、人民银行对金融机构的贷款利率也相应调整。个人住房公积金贷款利率则保持不变。
中国人民银行同时决定，从同日起下调金融机构人民币存款准备金率0.5个百分点，旨在保持银行体系流动性合理充裕，引导货币信贷平稳适度增长。此外，对符合条件的金融机构额外降低存款准备金率0.5个百分点，以加大金融支持“三农”和小微企业的力度。
