医疗保险关系转移涉及两个方面：一是不同统筹地区的医疗保险缴费年限和个人账户余额转移；二是不同险种之间的缴费年限转移。
在不同统筹地区之间转移医疗保险关系时，首先，参保人员需向原统筹地区的医疗保险经办机构申请开具参保凭证，提供居民身份证等必要证件。之后，参保人员或其新就业单位应向新的统筹地区医疗保险经办机构提出转入申请，同样需要提供参保凭证和相关证明材料，填写《基本医疗保险关系转移接续申请表》。
接下来，转入地医疗保险经办机构会将申请信息反馈给转出地医疗保险经办机构，后者收到《基本医疗保险关系转移接续联系函》后，会向转入地划转参保人的医疗保险个人账户余额，同时完成医疗保险缴费年限的转移。
对于不同险种之间的医疗保险关系转移，城镇居民基本医疗保险或新型农村合作医疗的参保年限可以折算为城镇职工基本医疗保险的缴费年限，每一年的参保年限可折算为四个月的缴费年限。但是，这种转移和折算的年限不能用来抵消灵活就业人员在参加城镇职工医疗保险时所需的“灵活就业人员医疗待遇等待期”，即灵活就业人员需连续缴纳城镇职工医疗保险一年后才能享受统筹待遇。
