宫外孕通常发生在输卵管，因为受精卵未能顺利迁移到子宫内。具体来说，90%以上的宫外孕发生在输卵管的不同部位，如壶腹部、峡部、伞端和间质部。这些不同部位的宫外孕发生率分别为55～60%、20～25%、17%和2～4%。
输卵管炎症是导致宫外孕的主要原因之一。慢性输卵管炎使得输卵管内部结构受损，管腔狭窄，纤毛缺失，周围粘连，影响孕卵的正常运行和通过，导致宫外孕。
输卵管发育或功能异常也是宫外孕的常见原因。输卵管过长、肌层发育不良、粘膜纤毛缺如、双管输卵管、额外伞部等结构异常，均可导致输卵管妊娠。
激素失衡同样可以导致宫外孕。输卵管壁的蠕动、纤毛活动和上皮细胞的分泌受到雌、孕激素的调节，如果这两种激素之间平衡失调，就会影响孕卵的运送，从而导致宫外孕。
输卵管手术后，无论是结扎、电凝或环套法，若形成输卵管瘘管或再通，都会增加宫外孕的风险。输卵管绝育后复通术或输卵管成形术，由于疤痕组织导致管腔狭窄，也容易引发宫外孕。
盆腔子宫内膜异位症也可能导致宫外孕。异位的子宫内膜对孕卵具有趋化作用，促使其在宫腔外着床。
卵巢妊娠较为罕见，多见于年轻的产妇，可能与排卵障碍和宫内节育器有关。排卵障碍导致卵泡发育正常但排出受阻，可能引起早期黄体内授精，从而发生卵巢妊娠。
腹腔妊娠同样少见，主要来源于子宫缺损和卵巢妊娠破裂。子宫残角妊娠的受精方式可能有两种：一是精子经对侧输卵管外游至患侧输卵管内与卵子结合，二是受精卵经对侧输卵管外游到患侧输卵管而进入残角着床。
宫颈妊娠则是因为分娩、流产或清洁过度等原因，其中分娩最为常见。分娩过程中宫颈口扩张，导致宫颈损伤，为致病菌提供入侵机会，从而引发阴道炎、宫颈妊娠等疾病。
