中国银联入网机构银行卡跨行交易收益分配办法于2003年12月19日由中国人民银行发布，旨在推动银行卡联网通用工作。该办法详细规定了ATM跨行交易和POS跨行交易的手续费分配。
ATM跨行交易手续费中，取款交易时，发卡行需向代理行支付3元/笔的代理手续费，并向银联支付0.6元/笔的网络服务费。而ATM跨行查询暂不规定收费。
POS跨行交易的商户结算手续费由发卡行、收单方和银联按比例分配。对于宾馆、餐饮、娱乐、珠宝金饰、工艺美术品类的商户，发卡行的固定收益为交易金额的1.4%，银联网络服务费标准为交易金额的0.2%。一般类型商户，发卡行固定收益为交易金额的0.7%，银联网络服务费为交易金额的0.1%。
对于特定行业或商户，银联提供了适度优惠。房地产、汽车销售类商户，发卡行固定收益及银联网络服务费比照一般类型商户，但发卡行收益每笔最高不超过40元，银联网络服务费最高不超过5元。批发类商户的收益上限同样设定。
航空售票、加油、超市等类型商户，发卡行固定收益及银联网络服务费比照一般类型商户减半收取，即发卡行的固定收益为交易金额的0.35%，银联网络服务费标准为交易金额的0.05%。而公立医院和公立学校则不参与收益分配。
POS网络分为直联系统和间联系统。直联系统下，交易信息直接从商户到银联再到银行，手续费分配同步完成。间联系统下，交易信息先到银行再经银联，银联负责分配。如果刷的卡和POS机属于同一银行，则不经过银联，全部收益归该银行。
