在使用智能马桶时，先冲还是先洗的问题一直备受争议。有人认为，先冲马桶再清洗，就像使用普通马桶一样简单，冲完后直接清洗即可。但专家指出，冲马桶时，瞬间气旋会将病菌或微生物带到6米高并悬浮数小时，甚至落在牙刷和毛巾上。因此，冲马桶时应盖上马桶盖，避免病菌扩散。若PP直接坐在马桶上冲水，病菌会附着其上，虽然之后会清洗，但心里仍会感到不安。
另一种观点是先清洗再冲马桶。但这也存在争议，因为排泄物会留在马桶中，持续散发臭味。清洗PP的过程虽然只需几秒钟，但是否愿意在臭味中进行，确实是个问题。
杜菲尼建议正确的使用方式是：盖上马桶盖，冲水，然后坐回去清洗PP，最后再冲一次。这个流程看起来并没有问题，但许多人表示接受无能，因为这过程耗时耗水耗电，日积月累下来，恐怕连一个博士后都能在厕所读完。
日本供水局的官网给出的正确使用方法是先洗PP再冲马桶。但许多人仍表示不能接受，因为冲洗PP加上烘干的时间，卫生间中的异味难以忍受。这一问题至今没有一个完美的解决方案。
