在比较无痛胃镜和普通胃镜时，普遍观点可能倾向于认为无痛胃镜对身体的影响较大。无痛胃镜通常涉及使用麻醉药物，这些药物可能会对神经系统产生副作用，从而在一定程度上对身体造成伤害。无痛胃镜经常采用全身麻醉，这意味着患者在整个检查过程中都将处于无知觉状态。如果医生在检查过程中不小心损伤了食管，患者自己是不会察觉到的。这种潜在的风险比普通胃镜要高。
普通胃镜是通过患者口服麻醉剂后，将一个带有摄像头的管子插入咽喉，逐步通过食管进入胃部进行观察。由于患者保持清醒状态，管子会刺激食管，可能导致患者感到恶心或呕吐。因此，从患者感受上讲，普通胃镜可能更为痛苦。
不论选择哪种胃镜检查，检查后都需要注意饮食清淡，并且只宜进食流质食物。此外，服用诸如奥美拉唑或雷贝拉唑等药物可以帮助减轻胃镜对胃部造成的伤害。从成本和安全性考虑，许多人可能会认为普通胃镜是更佳的选择。
随着医学技术的进步，胶囊胃镜这种更为先进的检查方法已经被开发出来。胶囊胃镜内部装有摄像头，并具有一定磁性。在到达胃部后，胶囊会拍摄食管、胃和肠道的情况，从而完成检查。胶囊随后会通过肠道排出体外，不对身体造成伤害。尽管胶囊胃镜的价格较高，但它具有许多优点。
