在iPhone上通过App Store下载的应用程序，通常会在首次连接iTunes时询问是否保存到iTunes中。如果选择保存，这些应用将会被备份到iTunes。当你再次将iPhone与iTunes连接时，这些应用就会出现在设备上。
具体来说，当你尝试将iPhone与iTunes同步时，如果发现设备上的应用程序与iTunes列表中的应用不匹配，iTunes会提示你是否保留iPhone上的应用程序。这时，选择“是”，iTunes就会将这些应用程序备份到你的电脑上。
此外，如果你希望在不同设备之间同步应用程序，也可以考虑使用iTunes备份。例如，你可以在一台电脑上备份应用程序，然后将备份文件传输到另一台电脑，再通过iTunes恢复到另一台设备上。
需要注意的是，备份应用程序需要一定的存储空间，因此在进行备份前，请确保电脑有足够的空间。同时，定期备份应用程序有助于保护你的数据免受意外丢失的风险。
当然，除了iTunes，你还可以考虑使用其他备份工具或服务。例如，许多第三方应用提供了云备份功能，可以直接将应用程序备份到云端，方便你在不同设备之间进行同步。
总之，备份应用程序是一项重要的操作，可以帮助你保护数据安全。了解如何使用iTunes备份应用程序，对于维护你的设备非常重要。
