对于长内麦粒肿的治疗，局部热敷是一个常用方法，它有助于促进化脓过程，轻微的炎症也可能因此消失。全身及局部使用抗生素可以加速炎症消退，常见的青霉素族抗生素可通过口服、肌注或静脉注射给药，它们对化脓菌有很好的疗效。对于局部治疗，可使用0.25％的氯霉素眼药水，如果分泌物较多，使用利福平眼药水可能效果更佳。对于儿童，可在睡前涂抹金霉素眼膏。
切开排脓是另一种治疗方法，不建议等待自然破溃，这样可以减少患者的疼痛，缩短治疗时间。当脓头出现时，切忌用手挤压，因为眼睑血管丰富，眼静脉与眼眶内静脉相通，又与颅内的海绵窦相通，而眼静脉缺乏静脉瓣，血液可向各方向回流，挤压可能导致炎症扩散，引发严重并发症，如眼眶蜂窝织炎、海绵窦栓塞甚至败血症，危及生命。因此，不要用脏手揉眼睛，以免将细菌带入眼内引起感染。
麦粒肿虽小，但确实让人烦恼，痛苦不堪，尽管医疗上尚无特别有效的治疗方法，但使用酒精棉球擦拭眼睫毛根部的效果非常好。当开始患病——眼睑发痒、出现红肿或疼痛时，立即用酒精棉球擦拭眼睫毛。擦拭时要双眼紧闭，使用酒精棉球（不要太湿）在眼睫毛根部来回轻轻擦拭数次。擦拭后双眼会感到发热（发热时不可睁眼，否则酒精会渗透到眼里导致眼睛疼痛），待热劲过后再睁眼。只要当天擦拭2～3次，即可消肿。
输液疗法是一种快速有效的治疗方式。配方包括头孢哌酮钠舒巴坦钠4支与左氧氟沙星2瓶，24小时内即可痊愈。左氧氟沙星和舒巴坦钠具有广谱杀菌能力，能够有效消灭多种细菌。
此外，中医方剂也可以用于治疗麦粒肿。例如防风散结汤加减，适用于痰热阻结的情况，采用祛风清热、化痰散结的方法。方剂包括防风8克、白芷10克、前胡10克、黄芩10克、元参12克、花粉10克、陈皮8克、赤芍10克、浙贝母10克、桔梗6克，每日一剂，分两次服用。
另一方剂为清茶油膏，适用于外感风热、毒邪凝聚，或脾胃蕴积热毒，或脾虚气弱、眼睑气血瘀滞的情况，具有清热解毒、消肿止痛、生肌的功效。配方包括生清油和茶叶末适量，等量混合调为糊膏，装入磁罐备用。使用时，将清油膏涂于纱布上贴于眼睑病灶处固定，每日热敷3次，每次20分钟。
