咖啡含有多种营养成分，例如烟碱酸含有维生素B，烘焙后的咖啡豆含量更高，还含有游离脂肪酸、咖啡因、单宁酸等。咖啡对皮肤有益，促进代谢机能，活络消化器官，对便秘有帮助。使用咖啡粉洗澡也是一种温热疗法，有助于减肥。
咖啡还具有解酒功能，酒后喝咖啡可加速酒精转化成乙醛的速度，分解成水和二氧化碳排出体外。咖啡能够消除疲劳，通过补充营养、休息与睡眠以及促进代谢功能来达到效果。每天三杯咖啡还能够预防胆结石，对于含咖啡因的咖啡，能刺激胆囊收缩，减少胆汁中容易形成胆结石的胆固醇。
咖啡还有防止放射线伤害的作用，尤其是电器辐射。在老鼠实验中，研究人员发现咖啡能防止放射线伤害，并表示可以应用到人类。咖啡具有多种保健医疗功能，包括抗氧化、护心、强筋骨、利腰膝、开胃促食、消脂消积、利窍除湿、活血化淤、息风止痉等。
咖啡还能影响情绪，一般情况下，一天摄入300毫克（约3杯煮泡咖啡）的咖啡因，对人的警觉性、灵敏性、记忆力和集中力有正面影响。但是，当饮用量超过平常习惯时，就可能产生类似兴奋剂的效果，导致神经过敏，尤其是倾向焦虑的人。
咖啡因可能导致高血压恶化，尤其是高血压患者，大量饮用咖啡因只会使情况更糟。长期大量饮用还会导致骨质流失，增加骨质疏松的风险，尤其是绝经后的女性。孕妇饮用过量咖啡可能导致胎儿畸形或流产。维生素B1缺乏者饮用咖啡会对其产生破坏作用。
咖啡对健康的影响复杂，适量饮用对大多数人来说是安全的，但某些人群应避免饮用。患有高血压、冠心病、动脉硬化等疾病的患者不宜饮用。老年人和绝经后的女性应谨慎饮用，因为咖啡会减少钙质吸收，引起骨质疏松。胃病患者和孕妇应避免过量饮用，以防止病情恶化或影响胎儿发育。维生素B1缺乏者和癌症患者也应避免过量饮用，以防止对身体造成负面影响。
