河豚含有河豚毒素（TTX），这种毒素在河豚的性腺、肝脏、脾脏、眼睛、皮肤、血液等部位含量较高。尤其是卵巢和肝脏毒性最强，其次是肾脏、血液、眼睛、鳃和皮肤，而精巢和肉则多为弱毒或无毒。
在处理河豚时，需要格外小心，确保去除内脏、眼睛、鱼腮和鱼皮，用清水反复清洗干净。河豚肉质细腻，味道鲜美，营养丰富，具有很高的药用价值。从其肝脏和卵巢中提取的河豚素、河豚酸和河豚巢素等是珍贵的药材。
河豚毒素非常稳定，难以通过盐腌、日晒或一般加热烹饪来消除。因此，渔民在加工前会先去除内脏、皮、头等含毒部位，洗净血污，或长时间烹煮或腌制食用。如果处理不当，毒素会迅速发挥作用，且通常无法有效救治。
在中国，为了保障民众安全，国家明确规定禁止饭店供应河豚鱼。但在日本，河豚鱼的食用有着悠久的历史，成为其饮食文化的重要组成部分。河豚鱼的加工过程极为严格，一名合格的河豚厨师需接受至少两年的培训并通过考试，才能获得执照开业。
每条河豚的加工去毒需要经过30道工序，一个熟练的厨师通常需要20分钟才能完成。河豚一般被饲养在专门的池塘中，食用前用网兜捕捉，用小刀割去鱼鳍，切除鱼嘴，挖除鱼眼，剥去鱼皮，然后剖开鱼肚取出鱼肠、肝脏、卵巢和肾脏等含毒内脏，再将肉一小块一小块放进清水中漂洗。
经过处理后的鱼块洁白如玉，晶莹剔透。接着，将其切成极薄的片，摆成菊花或仙鹤等图案。食用时，夹起鱼片蘸上酱油和辣椒慢慢品尝，最后再喝一碗河豚鱼汤，口感极佳。
对于河豚鱼中毒患者，目前尚无特效解救药物。
