高铁G5和G6在车型、最高运行速度以及服务区间方面存在明显的区别：
1. 车型：G5高铁使用的是CRH380A型号的列车，而G6高铁则采用的是CRH380B型号的列车。
2. 最高运行速度：G5高铁的最高设计时速为300公里/小时，而G6高铁的最高设计时速为350公里/小时。
3. 服务区间：G5高铁服务于北京南站至上海虹桥站之间，而G6高铁则服务于北京南站至上海站之间。
此外，根据公开信息显示，这两趟高铁列车都经过南京南站。因此，如果您需要选择乘坐高铁，可以根据您的出发地和目的地来选择适合的车型和线路。
