依职权启动。根据修改后刑诉法第五十四条第二款、《人民刑事诉讼规则(试行)》第六十五条、第六十规定，在审查起诉时，发现有应当排除的非法口供，应当依法予以排除，不得作为提起公诉的依据；人民发现侦查人员以非法方法收集证据的，应当报经检察长批准及时进行调查核实。据此可知，承担审查起诉职责的检察官，在对案件证据进行审查过程中，有责任和义务主动启动程序排除非法证据。如果认为或者发现讯问活动可能存在刑讯逼供等非法取证行为、犯罪嫌疑人对讯问活动合法性提出异议或者翻供等情况，应当立即开展调查核实工作。
依申请启动。在审查起诉阶段，犯罪嫌疑人及辩护人报案、控告、举报侦查人员采用刑讯逼供等非法方法收集证据并提供涉嫌非法取证的人员、时间、地点、方式和内容等材料或者线索的，履行审查起诉职责的检察官应当依法受理并进行审查。对口供收集的合法性存在疑问的，报经批准后，应当及时启动调查核实程序。审查起诉部门在收案后宣告权利、听取辩护人意见时，应当同时告知犯罪嫌疑人、辩护人有权申请排除非法证据并提供相关证据或线索材料。
对于启动非法口供排除程序的申请，实践中有辩护人认为过早提出非法证据排除申请，容易使检察机关提前补充、完善合法证据，从而不利于进行无罪辩护。笔者认为，辩护人的职责在于依法维护犯罪嫌疑人、被告人的合法权益，无罪辩护不是其唯一追求。庭审中的证据突袭，往往导致延期审理、补充调查等诉讼拖延，反而损害了犯罪嫌疑人、被告人的合法权益，但又无法阻碍检察机关的补正、补查及指控犯罪工作，因为根据《人民刑事诉讼规则(试行)》第四百四十六条第三款规定，公诉人不能当庭证明证据收集的合法性，需要调查核实的，可以建议法庭休庭或者延期审理。
