1、自然人犯妨害国境卫生检疫罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
2、单位犯犯妨害国境卫生检疫罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
法律依据：
《刑法》第三百三十二条
违反国境卫生检疫规定，引起检疫传染病传播或者有传播严重危险的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
一、妨害国境卫生检疫罪与妨害传染病防治罪的区别
两者存在诸多相同之处，如都妨害了社会管理秩序，都以违反有关行规的规定为前提，都有引起传染病传播或有传播严重危险的后果，犯罪主体均为一般主体，主观方面皆出自过失，等等。两罪的主要区别在于：
(1)犯罪的直接客体不同。前者侵犯的主要是国境卫生检疫的管理制度；而后者侵犯的是国家关于传染病防治的管理制度。
(2)违反的行规不同。前者违反的是国境卫生检疫法的有关规定；后者违反的是传染病防治法的有关规定。
(3)危害结果不同。前者引起了鼠疫、霍乱、黄热病、艾滋病等检疫传染病传播或者有传播严重危险；后者则是引起了鼠疫、霍乱等甲类传染病的传播或者有传播严重危险。
