由于单位犯罪一般实行双罚制，即对单位处以财产刑的同时，对有关责任人员也要处以人身刑，因此在实践中通常做法是将单位犯罪案件的被告人分为法人被告人和自然人被告人。一个法人被告人可能同时有数个自然人被告人，如有法定代表人、有关主管人员或直接责任人员，是单位犯罪案件中的共同被告人。
单位作为刑事被告人参加诉讼，由它的法定代表人参加刑事诉讼，法定代表人的职责，既包括代表单位行使实体权利也包括代表单位行使诉讼权利，法定代表人以单位的名义进行活动，视为单位的行为。法定代表人有权代表单位行使辩护权，申请回避，申请审判长对证人、鉴定人发问或经审判长许可直接发问和最后陈述以及上诉、申诉等。同时也应履行单位被告人的诉讼义务。他代表法人进行诉讼活动的结果，由法人承担。
但是当法定代表人在单位犯罪案件中同时也是直接责任人被追究刑事责任时，则具有双重身份，有违辩护的规则，所以笔者对单位犯罪案件被告人主体主张只列法人单位为被告人，而将法定代表人或其他直接责任人员从属于单位被告人的身份参加单位犯罪的诉讼活动，以平衡单位犯罪的刑事诉讼程序。
在区分自然人犯罪与单位犯罪的时候，不是简单的看实施犯罪活动是否以单位名义进行或者最终的非法所得是否都归单位所有，此时必须要综合考虑到多方面的因素，然后才能做出较为准确的判断。一般在认定不构成单位犯罪的情况下，多数会按照自然人犯罪来处理，依法追究行为人的法律责任。
一、不构成单位犯罪的几种情况
不认定为单位犯罪的情形有：
1、个人为进行违法犯罪活动而设立的公司、企业、事业单位实施走私犯罪的，不以单位犯罪论处;
2、公司、企业、事业单位设立后，以实施犯罪为主要活动的，不以单位犯罪论处。单位是否以实施犯罪为主要活动，应根据单位实施走私行为的次数、频度、持续时间、单位进行合法经营的状况等因素综合考虑认定;
3、盗用单位名义实施犯罪，违法所得由实施犯罪的个人私分的，依照刑法有关自然人犯罪的规定定罪处罚。
单位犯罪是公司、企业、事业单位、机关、团体为本单位谋取非法利益，经单位集体研究决定或者由有关负责人员决定实施的危害社会的行为。公司、企业、事业单位设立后，以实施犯罪为主要活动的，不以单位犯罪论处。
