普通护照和港澳通行证在办理机构、有效期、作用等方面不同。
1、签证或签注的办理机构不同，护照签证由大使馆签发，而港澳通行证由出入境部门办理；
2、有效期不同，港澳通行证的签注有效期最长为1年，如果签注过期，还需要到出入境部门重新办理签注；
3、作用不同，护照往往用于出国，而港澳通行证用于出境。
护照定义：
是一个国家公民出入本国国境和到国外旅行或居留时，由本国发给的一种证明该公籍和身份合法证件。许多国家都没有身份证，而多用护照来代替身份证的作用，办理护照要填写详细的个人信息表格，还要拍个人照片，流程比较复杂。国外一些免签地区只要持护照，无不良记录，就可以去了。
港澳通行证：
主要指的是港澳通行证，去或澳门特别行政区一定要办，办理难度没签证高，去之前办理一下就可以了。
综上所述，普通护照和港澳通行证在办理和作用方面都不同。
【法律依据】：
《中华人民共和国出境入境管理法》 第十条
中国公民往来内地与特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来与地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定。具体管理办法由规定。
