协议离婚的主管机关是民政部门，具体的婚姻登记机关，在城市是事处或者市辖区、不设区的市的民政部门；在农村是乡、民族乡、镇的。
在婚姻登记机关中，由持有婚姻登记管理员证书的人员从事协议离婚的登记工作。
法律依据：
《婚姻登记条例》第二条
内地居民办理婚姻登记的机关是县级民政部门或者乡(镇)，省、自治区、直辖市可以按照便民原则确定农村居民办理婚姻登记的具体机关。
中国公民同外国人，内地居民同特别行政区居民(以下简称居民)、澳门特别行政区居民(以下简称澳门居民)、地区居民(以下简称居民)、华侨办理婚姻登记的机关是省、自治区、直辖市民政部门或者省、自治区、直辖市民政部门确定的机关。
一、有效的离婚证件需要什么
(一)本人的户口簿、身份证；
(二)本人的结婚证；
(三)双方当事人共同签署的离婚协议书。
办理离婚登记的居民、澳门居民、居民、华侨、外国人除应当出具前款第(二)项、第(三)项规定的证明材料外，居民、澳门居民、居民还应当出具本人的有效通行证、身份证，华侨、外国人还应当出具本人的有效护照或者其他有效国际旅行证件。
离婚协议书应当载明双方当事人自愿离婚的意思表示以及对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的意见。
男女登记离婚后，一方对已发生法律效力的离婚协议及子女和财产问题的处理反悔时，应当向原婚姻登记机关申请解决。只有在原婚姻登记机关撤销离婚登记的情况下，向人民提出诉讼的，人民才能受理，在原婚姻登记机关未撤销离婚登记的情况下，向人民提出诉讼的，人民不应受理，但应告知当事人向原婚姻登记机关申请撤销离婚登记。
