严重。如果药店删除了已上传的单据，这会对药店的业务和合规性造成严重后果，其具体如下：
1.如果删除的是销售记录或其他业务记录，这会导致药店无法准确跟踪销售情况，影响业务管理和发展。
2.如果这些记录是必需的合规文件，药店会违反相关法规，面临监管机构的惩罚。
3.如果删除的是客户敏感信息，如医疗记录或个人信息等，这会违反隐私法规，并使药店面临数据泄露和法律责任。
4.如果删除单据的原因是人为错误或系统故障，药店应尽快恢复这些记录，并采取措施确保这种情况不再发生。如果药店没有及时采取行动，就会导致业务中断，客户信任下降，甚至面临法律责任。
