云南省在推进新型工业化进程中仍然存在一些问题，主要包括：1.产业选择和布局不合理：云南经济增幅不高，其中一个重要原因就是工业发展滞后。工业产业和工业企业都不同程度地存在着体制不顺、机制不活，结构性矛盾突出，科技水平低，创新能力不强等深层次问题，严重制约了云南省的工业化进程。
2.工业经济增长方式粗放：云南省工业的显著特点是农业型和资源型的，对农业和自然资源的依赖性较强。无论是轻工业还是重工业，对农业和自然资源依赖过重，缺乏深加工，产业链短，附加值低。除烟草等少数几个产业外，大部分产业不同程度地表现出有资源无加工、有产品无特色、有特色无规模，以及有规模无品牌的问题。
3.工业与环境的和谐程度低：云南省的环境污染问题较为严重，需要加强环境保护工作，实现工业与环境的和谐发展。
4.工业发展不能充分利
5.人力资源优势：云南省的人力资源开发严重滞后，需要加快人力资源开发，充分发挥人力资源优势，推动工业发展。
6.工业与农业、城市化与工业化之间的互动性不强：云南省的工业与农业、城市化与工业化之间的互动性不强，需要加强互动，实现协同发展。
7.制度供给不足和效率不高：云南省的市场化程度较低，需要加强制度建设，提高市场效率，推动工业化进程。
