检察机关刑事案件繁简分流存在的问题及原因如下：1、繁简标准难以掌握。由于案件的繁简区分在立案第一关上很难掌握，立案审查只是表面上的审查，有的案件从表面上看简单，但审理中确发现许多疑难问题，只有转普通程序进行审理，简案不简，影响简易案件的审判效率。
2、送达问题影响效率。简易程序之所以简便是传唤当事人简便、快捷、不受民诉法有关期限的限制和必要的送达限制，但是，由于在传唤方式上法律上没有相应的制度保障，一旦被传唤当事人不予配合，故意躲避、拒不到庭或否认法院传唤就无法进行下一程序的审理,也影响了简易程序的效率。
3、审判人员的主观能动性不高。由于简化审理的案件要求在45日内审结，审判人员审理案件不积极主动的适用简化程序，有的虽然适用了简化程序，但此类案件在操作上无法明显区别于普通案件，导致可能超期审结影响考核。
4、督促程序没有发挥作用。民诉法规定，对债权、债务关系清楚的纠纷可以申请法院直接向义务人发出支付令，不必经诉讼程序，比简易程序更为简便。但是，目前，适用督促程序的案件比例并不高。原因是与当事人不知法律规定有关，但这与审判人员的主观因素、绩效考核调撤率、案件受理费的收取也是大有关系的。
5、审理程序简案不简。简易程序审理的案件开庭程序繁琐，仍然按照查明当事人身份、告知权利义务、法庭调查、法庭辩论、最后陈述和庭审小结等程序进行，该简的没有简，重复劳动多。有的案件完全可以由独任审判员定案，却也向审委会提交讨论，有的甚至向上级法院请示，造成研究案件时间过长而影响审判效率。
