化学结构、活性、机制和适用对象不同。糖氨基嘌呤和氯吡脲都有促进植物生长的作用，但也有不同的化学结构、活性、机制和适用对象的不同。但具体如下：
糖氨基嘌呤的化学结构是6-氨基嘌呤与核糖连接而成的，属于天然存在的细胞分裂素之一。氯吡脲的化学结构是1-(2-氯-4-吡啶)-3-苯基脲，属于人工合成的苯脲类细胞分裂素。
糖氨基嘌呤的活性相对较低，一般需要较高的浓度才能产生明显的效果。氯吡脲的活性相对较高，一般只需较低的浓度就能产生显著的效果。
糖氨基嘌呤的作用机制是全身性的，可以在植物体内转运和代谢，影响植物的整体生长发育。氯吡脲的作用机制是非全身性的，只在施用部位起作用，不在植物体内转运和代谢。
糖氨基嘌呤的应用范围比较广泛，可以用于果树、蔬菜、粮食作物等多种作物。氯吡脲的应用范围比较窄，主要用于葡萄、苹果、猕猴桃等果树作物。
