可以驾车或坐地铁去。根据查询百度地图可知，从夫子庙到南京大屠纪念馆推荐两种交通方式：
驾车：从夫子庙出发，途经：集庆路、水西门大街，耗时17分钟，全程5.5公里，须通过19个红绿灯，最终到达南京大屠纪念馆，打车大约17元。
地铁：步行730米至夫子庙站上车，乘坐地铁3号线（林场方向），经过2站以后在大行宫站下车，站内换乘步行140米，在大行宫站上车，乘坐地铁2号线（鱼嘴方向），经过5站后，在云锦路站（2口出）下车，步行170米，就可以到南京大遇难同胞纪念馆，全程大约7.9公里，耗时35分钟，票价3元。
侵华日军南京大遇难同胞纪念馆位于南京市建邺区水西门大街418号，通称江东门纪念馆，选址于南京大江东门集体遗址及遇难者丛葬地，是中国首批国家一级博物馆，首批全国爱国主义教育示范基地，全国重点文物保护单位，首批国家级抗战纪念设施。
