答：有差别，应用本科的毕业证会注明是应用型本科，而非普通本科，但是应用本科属于国家统一招生考试的招生范畴，占用国家普通高考招生名额（这里注意区别自考里面的独立本科）。
1.应用本科教育属于较高层次的技术教育，是我国高职教育中的重要组成部分。它是相对于普通本科和高职专科而言的，它既不同于一般四年制的普通本科，也不同于专科层次的高职。
普通本科和应用本科是本科教育的两种类型，它们的关系应是平行发展的。应用本科是高职教育的一个层次，它同一般普通本科相比具有鲜明的技术应用性特征。在培养规格上，应用本科培养的不是学科型、学术型、研究型人才，而是培养适应生产、建设、管理、服务第一线需要的高等技术应用性人才；在培养模式上，应用本科以适应社会需要为目标，以培养技术应用能力为主线设计学生的知识、能力、素质结构和培养方案，以“应用”为主旨和特征构建课程和教学内容体系，重视学生的技术应用能力的培养。
2.应用本科与高职专科相比也有较大的不同。尽管高职都是培养第一线需要的技术应用人才，但应用本科出现以后，高职专科的具体培养目标和规格应当有所调整，与应用本科有所分工。高职专科主要培养一般企事业部门的技术应用型人才，尤其是培养大量一线需要的技术人才。应用本科则主要培养技术密集产业的高级技术应用型人才，并担负培养生产第一线需要的管理者、组织者以及职业学校的师资等任务。
