制作机关不同，权证编号不同，标注产权信息不同，公章不同。
1、制作机关不同：房产证的监制机关为住房和城乡建设局，而房屋产权登记证的监制机关是国土资源局。
2、权证编号不同：房产证在发放的时候包括两个不同的编号，分别是房屋的所有权证号和建房注册号，而房屋产权登记证包括不动产权编号和证书编号。
3、标注产权信息不同：房产证证书里需要写明房屋的持有人、共有情况、登记时间、房屋性质、房屋状况、规划用途、土地状况和房屋地点；而房屋产权登记证只需要标明权利人、位置、单元号、用途、权利性质和类型以及使用期限等，但是持有者的权利还是一样的。
4、公章不同：房产证需要各地的公章，而房屋产权登记证需要的是登记单位的公章。
