这两者的区别在于发票的开具、发票内容、抵扣作用、发票联次、开票资料要求和发票时限。1、发票的开具，专票只能由增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人如需使用，需经税务机关批准后由当地税务机关代开。普票可由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用。
2、发票内容，专票除了具备购买单位、销售单位、商品或服务的名称、数量、单价、价款、开票单位、收款人、开票日期等普通发票所具备的内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等内容。普票主要包含普通交易信息，不含专票特有的税务登记、税额等详细信息。
3、抵扣作用，专票可以抵扣增值税，即企业购进货物或接受劳务支付的增值税额，可以从销项税额中抵扣。普票不能抵扣增值税，只能作为成本费用报销核算。
4、税收基数与税率，专票税收基数为“不含增值税”，税率为13%。普票税收基数为“实际发生额”，税率也为13%，在计算税额时，基数不同会导致税额有所差异。
5、发票联次，专票有多联，包括抵扣联等，用于进项税额抵扣。普票为两联，即记账联和发票联，主要作为记账凭证使用。
6、开票资料要求，专票开票时需要提供公司名称、统一社会信用代码、注册地址、开户行及账号等资料。普票开票时一般只需要提供公司名称和统一社会信用代码。
7、发票时限，专票没有特定的使用时限。普票存在一定的使用期限，例如某些普通发票的使用期限为2个月。
