在诉讼中，如果当事人需要向法院提交涉及保密信息的证据，可以采取以下措施来保护其合法权益：
可以将保密信息的机密部分（例如合同的另一方，标的物和敏感条款等）涂黑，或者仅在向法院准备副本时才提取非机密内容。当然，涂黑和摘录应受到一定程度的限制，既不应影响整个文档的完整性，也不应掩盖在判断文档的真实性方面起决定性作用的内容（例如，文档的形成时间，公章，签名），以免对证据的真实性产生不必要的怀疑。
可以要求法院对保密信息进行封存，不向对方或公众披露，只在审理过程中由法官查看。如果法院认为有必要，可以在封闭的场所进行审理，限制旁听人员的数量和身份，或者采用闭门审理的方式。
可以要求法院向双方解释保密义务，甚至命令双方签署保密协议，以澄清披露的法律后果。一些地方法院就此问题制定了明确的规定。
保密协议是一种法律合同，用于保护当事人之间交流的机密信息，防止其被第三方获取或泄露。保密协议通常规定了保密信息的定义、范围、使用方式、披露条件、保密义务、违约责任等内容。保密协议的签订和履行受到合同法的管辖和保护。
