1. 为规范科研院所社会公益研究专项资金的管理，提高资金使用效益，本办法应运而生。根据国家财务制度，专项资金的来源为中央财政拨款，其年度预算总额由科技部商财政部确定。
2. 专项资金的使用和管理需遵循国家科技政策，遵守国家财务制度，坚持诚实申报、公证受理、科学评估、择优支持、专款专用的原则。同时，建立项目与经费管理相互监督制约的机制，并充分发挥政府有关部门、中介机构在决策管理过程中的管理、评议和咨询作用。
3. 专项资金主要支持中央级科研院所（含转制的原中央级科研院所）开展资源环境、人口健康、防灾减灾、社会保障、社会服务、国家与社会公共安全等领域的社会公益研究工作。支持方式为一次性补助，每个项目研究周期一般不超过2年，每个项目的支持额度一般为30～300万元。
4. 专项资金的支出范围包括项目费和组织管理费。项目费包括人员费、设备补助费、相关业务费和项目管理费。组织管理费指科技部在组织项目评审（评估）、监督检查等工作中所支出的费用。
5. 项目申报需符合本办法规定并经过科学论证。项目申报单位必须保证为开展项目研究提供所需的必要条件。专项资金项目申报一般每年一次，各单位根据科技部发布的《科研院所社会公益研究专项资金项目申报指南》要求编报相关文件。
6. 科技部组织专家或委托中介机构对申报项目进行审轮橘查，并分别对专项资金项目及其预算提出意见。科技部根据评审或评估意见进行综合平衡，会同财政部审定支持项目及其预算。
7. 经批准的项目及其预算一般不作调整，如有特殊情况确需调整，应按规定的程序重新报批。项目经费的拨付由科技部负责，项目承担单位对项目及其资金的使用与管理需严格按照批准的资金用途进行。
8. 由专项资金形成的资产属国有资产，项目承担单位行使使用权。项目形成的研究成果属国家所有，项目完成后，项目承担单位应及时总结、验收，国家将汇总研究成果并向社会公布。
9. 项目承担单位需在项目完成后向科技部报送专项资金使用情况及项目完成情况的总结报告。
