食用半生不熟的鸡蛋可能对身体健康造成不利影响。生鸡蛋内含有抗酶蛋白和抗生物蛋白，这些物质会妨碍人体肠胃中的蛋白酶与蛋白质接触，影响蛋白质的消化与吸收。同时，抗生物蛋白能与食物中的生物素结合，形成人体无法吸收的物质。然而，这些有害物质在鸡蛋经过蒸煮后会被破坏，不会对人体营养吸收造成影响。
生鸡蛋中的蛋白质结构紧密，消化酶难以接触，因此不易被消化吸收。而煮熟的鸡蛋蛋白质结构变得松软，更易于人体消化吸收。另外，大约有10%的鲜蛋可能携带致病菌、霉菌或寄生虫卵。如果用开水冲鸡蛋加糖给孩子喝，由于病菌和寄生虫卵不能完全被杀死，可能会导致腹泻和寄生虫病。如果蛋中含有沙门氏菌，还可能引起食物中毒。最近的研究发现，鸡蛋壳上可能携带O157肠出血性大肠杆菌，即使数量极少，也可能引起食物中毒。
虽然在一些人看来，溏心蛋美味且营养丰富，但实际上，半熟的鸡蛋存在健康风险。鸡蛋容易受到细菌污染，尤其是沙门氏菌。被污染的鸡蛋无色无味，肉眼无法分辨。感染后，通常在8到72小时内，人会出现腹泻、腹痛、发烧等症状，免疫力较弱的人甚至可能死亡。2010年10月，美国曾因鸡蛋被沙门氏菌污染而召回5亿只鸡蛋。尽管并非所有鸡蛋都受污染，但这种可能性始终存在。消费者自我保护的最佳方式是将鸡蛋彻底煮熟。美国农业部推荐，鸡蛋制品应加热至71℃以上，这样沙门氏菌基本上会被消灭，蛋黄也会凝固。日常生活中，可以将“蛋黄完全凝固”作为鸡蛋“煮熟”的标志。如果蛋黄仍呈“溏心”状态，甚至蛋白也未完全凝固（鸡蛋的凝固温度约为62℃），则无法实现有效灭菌，从而增加了感染致病菌的风险。
