急性移植物抗宿主病通常在移植后10至30天内出现，其特征包括发热、食欲不振、腹泻、腹痛、呕吐和肝脏受损等症状。
皮肤损害最初表现为轻微的弥漫性红色斑疹或丘疹，伴有痒感，通常出现在躯干，随后可能扩散至面部和四肢。若病情未能得到控制，损害可能演变为麻疹样或猩红热样损害，严重时甚至可能出现剥脱性皮炎或中毒性大疱表皮松解症，尼氏征可能呈阳性。
粘膜损害表现为红斑、水肿、糜烂和溃疡，伴随疼痛，可能影响口腔、眼结膜等部位。
内脏病变可能与皮肤或粘膜损害同时出现或单独存在，肝脏病变表现为恶心呕吐、右上腹疼痛和肝功能异常，肠道则可能表现为水样便和腹绞痛。
慢性移植物抗宿主病通常发生在移植后3个月以上，皮损形式多样，可局限或泛发。
扁平苔癣样疹初发时为紫红色苔癣样丘疹，沿毛囊周围分布，皮肤粗糙，多见于四肢远端、面部和躯干，一般无自觉症状。
硬皮病样损害主要发生在上肢、面部和躯干，表现为弥漫性红斑水肿、硬化、萎缩，呈硬斑病样表现，常伴有网状红斑和皮肤异色病样改变，但无毛细血管扩张。
粘膜损害可能包括口腔粘膜的糜烂、溃疡和疼痛，类似扁平苔癣，以及眼结膜的假膜性结膜炎、渗出性结膜炎和干燥性角膜结膜炎，预示着较差的预后。
其他可能的表现包括嗜酸性粒细胞增多、高丙球蛋白血症、肺纤维化、多发性肌炎和自身免疫性溶血性贫血。
病理变化方面，急性GVHD轻型（I Ⅱ级）示基层局灶性或弥漫性空泡化、海绵形成及角化不良，卫星状细胞坏死，角朊细胞核固缩、胞质嗜酸性。重型则表现为表皮下裂隙，真皮乳头常有核细胞浸润。
