个人出租商铺时，如果开具增值税发票给租户，需按照5%的税率缴纳增值税。根据《财政部 国家税务总局 关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》，对于其他个人出租其取得的不动产（不含住房），应按照5%的征收率计算应纳税额。值得注意的是，个人出租住房则应按照5%的征收率减按1.5%计算应纳税额。
具体而言，当个人将商铺出租给租户，并开具增值税发票时，应按照商铺的租金收入计算5%的增值税。例如，若商铺月租金为10000元，则需缴纳500元的增值税。如果出租的是住房，即便税率相同，也需按照1.5%计算，即上述情况下，只需缴纳150元的增值税。因此，个人在出租商铺时，应根据实际情况，准确计算并缴纳相应的增值税。
在实际操作中，个人出租商铺需要妥善保管相关租赁合同及租金收入凭证，以便税务机关核查。同时，个人还需及时向税务机关进行纳税申报，并按期缴纳应缴税款。通过规范的税务处理，可以确保个人商铺出租业务的合法性和合规性。
需要注意的是，如果个人出租商铺时开具了增值税专用发票，则适用的税率可能有所不同。具体来说，若租户为一般纳税人企业，租户可以将增值税进项税额进行抵扣，此时需按照适用的增值税税率开具发票。因此，在实际操作中，个人在出租商铺时应根据租户的具体情况，选择合适的税率开具增值税发票。
此外，个人出租商铺还需注意其他相关税务规定。例如，根据《国家税务总局关于发布〈纳税人提供不动产经营租赁服务增值税征收管理暂行办法〉的公告》（国家税务总局公告2016年第16号），个人出租商铺时，还应按规定开具《不动产租赁合同》和《房屋租赁登记备案证明》等文件。同时，个人还需及时向税务机关进行纳税申报，并按期缴纳应缴税款。
综上所述，个人在出租商铺时，应根据实际情况，准确计算并缴纳相应的增值税。同时，还需妥善保管相关租赁合同及租金收入凭证，及时进行纳税申报，并按期缴纳应缴税款。通过规范的税务处理，可以确保个人商铺出租业务的合法性和合规性。
