芹菜的根系相对较浅，吸肥能力较弱，因此在施肥时应少量多次。过量施肥可能导致芹菜根部烧伤，同时肥料的过量也无法被芹菜有效吸收，造成资源浪费。
芹菜定植缓苗期间不宜施肥，待缓苗后，为促进新根和叶片的生长，可适量施用速效氮肥提苗，每亩追施硫酸铵15至20千克。
芹菜适宜在富含有机质、保水保肥性能好的壤土中生长。芹菜对氮磷钾等营养元素的需求较为全面，吸收比例大约为3:1:4。在追肥期间，应减少氮肥的使用，增加磷钾肥的施用量，以防止芹菜生长缓慢。
在芹菜生长后期，可通过叶面喷施钙镁磷肥和适量硼肥来补充营养，同时为预防病害，可在收获前半个月内使用。
灌溉次数应多于追肥次数，这一阶段的施肥以化肥为主，主要使用尿素、磷肥和钾肥。有经验的农户可能会使用一些高效肥料。为确保芹菜良好生长，生长期内应追施氮肥2至3次，选用碳酸氢铵、硫酸铵等氮肥，避免使用尿素，因为尿素可能导致芹菜味道苦涩、生长缓慢、纤维素含量增加，影响口感和品质。
芹菜蹲苗结束后，每亩可用满园春生物冲施肥10公斤。10月份是芹菜生长速度快、需肥多的时期，结合浇水每亩追施满园春生物冲施肥10至15公斤。
基肥应在定植前7至10天施入，与土壤混合后晒白并耙平畦面，再开定植沟。追肥应少量多次，由稀薄逐渐加浓，宜用尿素和生物有机叶面肥，避免使用硝态、铵态氮肥以免伤害根系，影响产量和品质。
