环境工程设计证书的申请涉及多个步骤，具体包括初审范围和程序。初审范围主要包括环境工程设计甲级证书和乙级证书。申请单位需按照具体程序进行。国务院各部门直属单位首先需将填写的申请表及相关材料提交至所属行业主管部门，再由该部门签署意见，最后上报国家环境保护总局审核。而对于南京市环保系统的申请单位，则需要向南京市勘察设计市场管理办公室和南京市环保局提交申请，经初步审核后，由南京市建设委员会和环保局签署意见。其他申请单位也需向南京市环保局和南京市勘察设计市场管理办公室提交材料，同样需要获得南京市环境保护局和建设委员会的审核意见。
申请单位需满足一些基本条件，包括依法设立并具有独立法人资格，拥有稳定组织机构和固定办公、设计及试验场所，并符合申请的环境工程设计证书级别和行业分类要求。同时，申请单位还需提供11项材料，具体包括正式批准成立设计机构的文件、企业法人营业执照副本或事业单位法人证书、已领取的工程设计证书、咨询评估证书、环境工程获奖项目证书、符合申请等级并已建成使用的环境工程项目一览表、环境工程项目有关证明材料、主要技术骨干职称及人事关系证明、主要技术装备一览表、办公、实验、化验场所证明、单位章程和全面质量管理制度文件。
以上11项材料需按一式二提供，而以下三份申请表则需按一式五份填写，它们分别是工程勘察、工程设计资格证书申请表、工程设计收费资格证书申请表和现场考察申报表。这些申请表需从市环保监测产业科技处领取。
初审将在受理申请之日起60天内完成，对于符合基本条件的申请单位，市环保局将统一向上级报送审核材料。经审核同意的单位将获得《专项工程设计证书》、《专项工程设计证书》（副本）和《工程设计收费资格证书》，而不符合要求的单位将收到市环保局的书面通知。
