天然食用色素主要来源于动植物，包括姜黄素、虫胶色素、红花黄色素、叶绿素铜钠盐、红曲米、酱色、胡萝卜素、辣椒红素及甜菜红等。它们在食品加工中被广泛应用。
姜黄素是多年生草本植物，称为黄金或姜黄，其根茎中含有的黄色色素是其主要成分。这种色素着色性强，特别适用于蛋白质着色。
虫胶色素来源于紫胶虫在其寄生植物上分泌的原胶，分为水溶性和不溶于水的两大类。其中，水溶性者为虫胶红酸，酸性环境下对光和热稳定，色调会因酸碱度的不同而变化。
红花黄色素是红花色素中的一种黄色成分，能够溶于水和乙醇，而不溶于油脂，这使得它在不同介质中的应用更加广泛。
叶绿素铜钠盐是一种蓝黑色具金色光泽的粉末，有胺样味道，易溶于水，水溶液呈蓝绿色。相比叶绿素，它的耐光性更强。
红曲米是我国传统使用的天然红色色素之一，通过将紫红曲霉接种在米上培养而成。它主要用来制造叉烧肉、红色灌肠、红腐乳及某些配制酒。
酱色即焦糖，是我国传统使用的天然色素之一。它为棕褐色或黑褐色的液体。生产方法是将蔗糖或麦芽糖浆在160～180℃高温下加热3小时，使之焦糖化，然后用碱中和制得。若使用铵盐作为催化剂，需注意其可能产生的有害物质。
胡萝卜素是人类食品中的正常成分，是人们所需的营养素之一，可作为奶油着色剂。
辣椒红素和甜菜红分别来源于辣椒和甜菜的根，它们都是红色色素。辣椒红素是一种类胡萝卜素，但具体成分是红萝卜A原，对人无毒性，可用于罐头食品。
