美少女战士的漫画版和动画版在许多细节上存在显著差异。例如，动画中水手战士地场卫（小卫）最初与火野丽交往，之后才与小兔（月野兔）交往。而在漫画中，小卫一开始就与小兔交往，没有与火野丽交往。
月野兔（倩尼迪/水手月亮）在漫画中的表现更为积极。她从第二册开始恢复前世的记忆后，以惊人的速度成长，对战斗有独到见解，表现得非常强大。而动画中的月野兔则展现了设定中的迟钝、爱哭等特点，但对战斗显得手足无措。
水野亚美（水手水星）在两版中的差别不大，但漫画中的她似乎更严肃，对待阿兔和其他战士比较严厉。火野丽（水手火星）在漫画中脾气不如动画中火爆，她比较孤傲，常在众人闹成一团时静静站在一边或转身去做自己的事。漫画中的她与阿兔关系不错，而动画中她则动不动就发火。
木野真琴（水手木星）在漫画和动画中差别不大，但漫画中的她似乎更温柔，比较有家庭主妇的感觉。爱野美奈子（水手金星）在两版中的性格一致，都很活泼。漫画中的美奈子在第二册中曾经为了保护水手月亮而假扮公主。
小小兔（小淑女/水手小月亮）在漫画中成为战士的后期变得越来越成熟，而动画中的她后期变身时仍像个小孩。天王遥（水手天王星）在漫画中是女性，而在动画中则成了百分百的女生。
海王满（水手海王星）在两版中的区别不大，但漫画中的她非常成熟，而动画中的她则更符合16岁的女高中生形象。冥王雪奈（水手冥王星）在漫画中更有气质，而动画中的她则稍微开朗一些。
土萌萤（水手土星）在漫画中由于画风的关系显得更为阴沉和神秘，而动画中的她性格则稍微开朗一些。漫画中的土萌萤父亲并未恢复本性，最后被水手月亮杀死在了实验室里。
这些不同之处不仅体现在角色的性格和行为上，还体现在故事内容上。两者之间的差异之大，以至于建议读者们阅读漫画，以体验更完整的美少女战士世界。
