孔德指出，人类智力的发展经历了三个阶段，分别是神学阶段、形而上学阶段和科学阶段。这些阶段不仅反映了人类思维发展的过程，也体现了不同阶段哲学方法的应用。
在神学阶段，人类倾向于通过虚构来解释世界。人们依赖于宗教和神话来理解复杂的现象，这种思维方式体现了人类在早期对世界的无知和恐惧。
随着知识的积累，人类开始采用形而上学的方法，即通过抽象的概念来构建理论。这种阶段强调逻辑和理性，试图从宏观角度理解事物的本质和规律。
最终，科学阶段的到来标志着人类智力发展的最高境界。在这个阶段，人们通过实证的方法，依靠观察和实验来验证理论，追求真理。科学方法的使用使得人类能够在自然界中发现规律，推动社会进步。
孔德认为，这三种哲学方法和相应的哲学体系是互不相容的。神学体系是人类思想的起点，科学体系是最终的目标，而形而上学体系则处于两者之间，起到了过渡的作用。
孔德希望通过强调这三个阶段，提升实验哲学和实验社会学的地位，使其与近代科学哲学相媲美。然而，他的观点也受到了批评，其中一部分观点被认为是对圣西门理论的借鉴。
圣西门提出，古代社会处于宗教神学的统治之下；随后进入了“假设体系”或“自然神论”的时代；而近代社会则迎来了实证科学时代。实证科学的进步削弱了宗教神学的影响，促进了物理主义哲学的发展。
