标记基因在基因工程中的应用主要是为了从含有不同基因的菌群中筛选出已经导入了含目的基因的质粒的菌体。这是因为标记基因通常位于质粒上，而非直接与目的基因结合。通过引入具有特定功能的标记基因，例如抗生素抗性基因，当菌体被转入含有标记基因的质粒时，这些菌体便能在含有相应抗生素的培养基中生存下来。因此，筛选过程可以针对这种特定的抗生素抗性特征来进行。
具体来说，当研究人员希望从大量菌群中筛选出特定目的基因的载体时，他们通常会首先将一个含有标记基因的质粒导入到这些菌体中。标记基因通常赋予菌体对抗生素的抗性，或者产生某种可检测的蛋白质。一旦成功导入，这些带有标记基因的菌体便能在含有该抗生素的培养基中存活，而未导入的菌体则会因为缺乏这种抗性而死亡。通过这种方法，研究人员便可以有效地筛选出那些已经成功导入目的基因的菌体。
此外，标记基因的选择至关重要，因为不同的标记基因可能会导致不同的筛选结果。例如，某些标记基因可能赋予菌体对特定抗生素的抗性，而其他标记基因可能产生荧光蛋白，使得筛选过程更加直观。因此，在实际操作中，选择合适的标记基因对于确保筛选过程的成功至关重要。
总之，标记基因的主要作用在于帮助研究人员从复杂的菌群中筛选出那些已经导入了特定目的基因的菌体。通过利用标记基因赋予的特定功能，可以极大地提高筛选效率和准确性。
