高新技术企业应遵循国科发火[2016]32号《高新技术企业认定管理办法》及国科发火[2016]195号《高新技术企业认定管理指引》进行账务处理。1. 账务处理应严格遵循会计准则，特别强调需按研发项目进行项目核算。研发费用的会计处理通常涉及借记研发费用、贷记研发支出，同时可能涉及应付账款、应付职工薪酬、银行存款等科目的借记，以及管理费用（针对费用化研发支出）的借记和无形资产（针对资本化研发支出）的贷记。研发支出的账务处理相对简单。
2. 风险防范：
（1）企业未实质性开展研发活动却申报高新技术企业，面临最大的风险。这种做法可能导致较高的成本，并且容易被查出取消高新技术企业资格。防范措施是，没有实质性研发的情况下不申报高新技术企业。
（2）存在真实研发活动时，共用费用的分摊风险较大。例如，研发和非研发共用设备时，企业管理需跟上，记录设备使用工时或人工工时，或采用其他方式进行合理分摊。人工费用方面也可能存在类似问题。
（3）普通会计人员对高新技术企业认定文件不熟悉，不了解认定要求，容易导致财务记录错误、费用计入混乱或不合规。防范方法是对会计人员进行培训，提高其对认定文件和管理要求的理解。
3. 需特别指出，高新技术企业认定和研发费用加计扣除是基于不同文件的规定，两者既有相同之处也有差异，应区别对待。高新技术企业认定主要由科学技术局负责，财税部门提供辅助，而研发费用加计扣除完全是财税规定的事项。会计处理研发费用有专门准则，与上述规定也有所不同。以上提及的风险及防范措施仅为一部分，鉴于各企业管理的差异，风险无处不在，需要主管人员及时跟进和处理。
