在工程建设领域，工程中标单位与第三方签订内部协议抽取一定比例的费用，在一定条件下是合法的。这种做法通常被称为“抽点”或“返点”。然而，这需要满足特定的法律和合同条件。
首先，根据《合同法》及相关法律法规，只要双方自愿签订合同，并且内容不违反法律法规，合同即为有效。在这种情况下，工程中标单位与第三方签订的内部协议，只要双方自愿且内容合法，通常被视为有效合同。
其次，抽点协议必须明确列出抽点的比例、抽点费用的使用范围以及双方的权利和义务。如果这些条款清晰明确，并且双方都同意，那么这种协议通常被认为是合法的。
此外，工程中标单位和第三方之间签订的抽点协议还应遵守国家关于反商业贿赂的相关规定。如果协议中涉及的抽点行为没有违反反商业贿赂法规，那么这种协议也是合法的。
值得注意的是，即使这种做法在法律上被认为是合法的，它也可能引起道德上的争议。因此，工程中标单位和第三方在签订此类协议时，应确保其行为符合行业规范和职业道德标准。
总之，在特定条件下，工程中标单位与第三方签订内部协议抽取一定比例的费用是合法的，但必须确保协议内容符合法律法规要求，且双方权利义务明确。
