藤椒与花椒在外观上就有明显的区别。藤椒的果实颜色从青绿色逐渐转为黄绿色，而花椒则从青绿色转变为大红色。
种植地区也是区分两者的一个重要依据。花椒通常生长在高海拔地区，北方地区种植较多，而南方则不太适合种植。相比之下，藤椒的适应性更强，可以广泛种植于全国各地，对海拔和气温的要求不高。
两者在功效上也有所不同。花椒具有去除腥味、驱寒、促进食欲、促进血液循环以及增强免疫力的功效，常用于熬汤。而藤椒的主要用途在于工业领域，如制造防腐剂、润滑剂和香皂等，虽然很少直接食用，但藤椒的部分部位仍然具备药用价值。
形状上的差异也是区分藤椒与花椒的一个特点。藤椒的叶子尖锐，表面较为明亮，带有许多小刺，可能会造成轻微的伤害。而花椒的叶子则较为圆润，颜色更深，枝干上也带有刺，但不如藤椒那样显眼。
值得注意的是，虽然藤椒和花椒都属于辣椒类，但两者不宜同时食用。虽然不会发生直接的相克反应，但如果同时食用，可能会导致彼此的功效相互抵消。
尽管藤椒在工业应用上更为广泛，但在某些情况下，人们仍然可以食用藤椒。藤椒的独特风味在某些菜肴中也能发挥独特的作用，为食物增添一份独特的香气与口感。
