性交时龟头疼痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1. 局部黏膜损伤：如果男性在进行性生活时动作过于剧烈或者不当，可能会导致龟头部位的黏膜出现轻微损伤，从而引起疼痛症状。
2. 泌尿系统疾病：如尿道炎、膀胱炎等炎症疾病，在性刺激下可能会加重炎症反应，进而引发龟头疼痛的症状。此外，泌尿系统结石也可能在性刺激下移动，划伤尿道粘膜，引起疼痛。
3. 包皮问题：对于存在包皮过长或包茎的男性，如果不注意个人卫生，容易导致包皮垢堆积，从而诱发包皮龟头炎。在性生活过程中，炎症的刺激会引发龟头疼痛。
请注意，以上只是一些可能的原因。如果这种情况持续发生或伴有其他症状，建议及时就医检查以明确诊断，并接受适当的治疗。同时，在日常生活中也应注意个人卫生和伴侣的健康状况，以减少类似问题的发生。
此外，为了预防此类问题，建议双方在性生活前进行充分的沟通和准备，确保动作轻柔适度，并注意个人和双方的卫生情况。如有任何不适或疑虑，及时就医咨询是最明智的选择。
