当用人单位拖欠劳动者工资三年，劳动者手中持有欠条，但劳动争议仲裁委员会因已过两年的仲裁时效而不受理，此时劳动者应依法向用人单位所在地的人民提起民事诉讼。依据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议的仲裁时效为一年，从当事人知晓其权利受损之日起计算。若在仲裁期间内，劳动者向对方主张权利、请求相关部门救济或对方同意履行义务，则仲裁时效将重新开始计算。
此外，如果劳动者因不可抗力或其他正当理由未能在规定时间内申请仲裁，仲裁时效将中止，待阻碍消除后继续计算。值得注意的是，在劳动关系持续期间，因拖欠劳动报酬引起的争议不受一年仲裁时效的，但一旦劳动关系终止，劳动者需在劳动关系终止后的六个月内提出仲裁申请。
实践中，劳动者在提起民事诉讼时，应准备充分的证据材料，包括欠条、劳动合同、工资条等相关文件，以证明自己的权益受损情况。同时，劳动者可以寻求法律援助，咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
在处理此类问题时，劳动者还需关注诉讼程序，了解立案、举证、开庭等环节的具体要求，确保诉讼过程的顺利进行。同时，劳动者也需注意保护自身隐私，避免泄露个人信息和敏感信息。
在审理过程中，劳动者应积极参加庭审，充分陈述自己的诉求和事实依据，并准备好答辩意见。如果需要，劳动者可以申请证人出庭作证，进一步增强自己的诉讼地位。在判决结果出来后，劳动者需及时了解判决内容，并根据判决结果采取相应行动。
总之，在面对用人单位拖欠工资的情况时，劳动者应依，通过合法途径维护自己的权益。在诉讼过程中，劳动者需保持耐心和冷静，积极应对，以期获得公正的判决结果。
