建设项目开工前阶段审计，主要包括审批文件的完整性，如项目建议书、可行性研究报告、环境影响评估报告、概算批复等。这些文件是否齐备，能否有效指导项目的建设。项目法人的质量控制、监理工作的选择和执行情况，以及施工单位的资质审核也是重要的审计内容。项目法人质量控制是否通过资质审查，是否按规定选择了勘察、设计、施工、监理单位并实行合同管理，合同是否规范、合法有效，质量管理制度是否建立，设计交底是否进行等，都是审计的重点。
施工准备阶段审计还包括对监理单位资格的审查，监理人员是否具备岗位证书，设计单位是否有承担相应资质的勘测设计能力，设计质量是否满足规范要求，施工单位是否有承揽相应施工任务的资质，质量责任制考核办法是否完善等。
建设项目资金来源的落实情况，包括资金来源是否合理，是否专户存储，资金能否满足项目建设需要，各种规费是否按规定缴纳，征地或拆迁补偿费是否符合规定，评估、计价是否合规、合理等，也是审计的重要内容。
建设项目施工阶段审计内容包括合同履行情况，如是否认真履行合同条款，有无违法分包、转包工程，变更、增补、转让或终止情况的真实性、合法性等。内控制度建立、执行情况，如工程签证、验收制度，设备材料采购、价格控制、验收、领用、清点制度，费用支出报销制度等的建立和执行情况。
工程设计变更、施工现场签证手续是否合理、合规、及时、完整、真实，工程预算款及结算是否按合同办理，工程成本核算及账务处理是否符合《国有建设单位会计制度》要求，建设资金到位情况是否与资金筹集计划或投资进度相衔接，有无资金闲置或停工待料现象。
建设资金是否专款专用，是否按照工程进度付款，有无挤占、挪用建设项目资金问题，往来资金数额较大且长时间不结转的预付工程款、预付备料款的处理情况，建设单位管理费的计取范围和标准是否符合规定，费用支出是否符合“必须、节约”原则，有无超出概算控制金额的情况。
设备、材料价格控制，特别是对建设单位关联企业所供设备、材料的价格检查，防止从中加价。对已购设备、材料因故不能使用的，要分析原因，分清责任，督促建设单位及时处理，避免造成更大损失。属采购的设备、材料是否按相应规定办理。
